Waren seit den 1960er Jahren die Fledermausbestände in Deutschland drastisch eingebrochen, konnten sie sich mittlerweile infolge des strengen Schutzes durch die europäische FFH-Richtlinie und das Bundesnaturschutzgesetz etwas erholen.
Dem Schutz ihrer Sommer- und Winterquartiere fällt eine besondere Bedeutung zu. Unbedachte Sanierungsarbeiten an Gebäuden oder Brücken, Versiegeln von Hohlräumen und das Abholzen höhlentragender Bäume sind wichtige Gründe für den Verlust von Rückzugsräumen. Ein gewisser Ausgleich kann durch das Aufhängen von Fledermauskästen geschaffen werden, obwohl diese natürlich keinen vollwertigen Ersatz für etwa den Verlust eines alten Baumes mit Höhlen und Rindenspalten bieten können.